Na edição de 2006, o Palmeiras teve outra participação discreta na Libertadores e, por sinal, a trajetória da equipe praticamente se repetiu em comparação com a campanha realizada no ano anterior, em 2005.
Desta vez, o Verdão eliminou o Deportivo Táchira (VEN) na primeira fase, classificando-se assim para a fase de grupos. Em seguida, dentro de sua chave, o Alviverde disputou a classificação às oitavas de final com Cerro Porteño (PAR), Atlético Nacional (COL) e Rosário Central (ARG). Com sete jogos, três vitórias, três empates e apenas uma derrota, o Palmeiras garantiu acesso às oitavas em segundo lugar no grupo, com nove pontos, atrás apenas do Atlético Nacional (10).
No mata-mata, o time de Edmundo foi eliminado novamente pelo rival São Paulo. Embora o Palmeiras não tenha prosseguido na competição, mais uma vez teve a honra de ter o artilheiro da competição, que, desta vez, foram dois: Marcinho e Washington, com 5 gols cada, ficaram com a artilharia com mais 12 jogadores. Pela primeira vez em sua história, portanto, o Palmeiras tinha dois artilheiros em uma única edição de Libertadores.
Campanha
10 jogos, 4 vitórias, 4 empates, 2 derrotas, 17 gols marcados, 13 gols sofridos.
Técnicos
Emerson Leão;
Marcelo Vilar;
| Jogador | Posição | Jogos | Vitórias | Empates | Derrotas | Gols |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Correa | Volante | 10 | 4 | 4 | 2 | 1 |
| Marcinho | Meia | 10 | 4 | 4 | 2 | 5 |
| Marcinho Guerreiro | Volante | 10 | 4 | 4 | 2 | 0 |
| Paulo Baier | Lateral-direito | 10 | 4 | 4 | 2 | 0 |
| Washington | Atacante | 10 | 4 | 4 | 2 | 5 |
| Edmundo | Atacante | 9 | 3 | 4 | 2 | 3 |
| Daniel | Zagueiro | 8 | 3 | 4 | 1 | 0 |
| Gamarra | Zagueiro | 8 | 3 | 4 | 1 | 1 |
| Lúcio | Lateral-esquerdo | 8 | 3 | 3 | 2 | 0 |
| Sérgio | Goleiro | 8 | 2 | 4 | 2 | -11 |
| Leonardo Silva | Zagueiro | 7 | 3 | 2 | 2 | 1 |
| Ricardinho | Meia | 7 | 3 | 2 | 2 | 0 |
| Enílton | Atacante | 6 | 2 | 3 | 1 | 0 |
| Alceu | Volante | 5 | 2 | 2 | 1 | 0 |
| Cristian | Meia | 3 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| Douglas | Zagueiro | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| Márcio Careca | Lateral-esquerdo | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| Marcos | Goleiro | 2 | 2 | 0 | 0 | -2 |
| Reinaldo | Atacante | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| Thiago Gomes | Zagueiro | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 |
| Valdomiro | Zagueiro | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| Wendel | Lateral-direito e volante | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 |
| Gioino | Atacante | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Juninho Paulista | Meia | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Técnico | Jogos | Vitórias | Empates | Derrotas |
|---|---|---|---|---|
| Emerson Leão | 8 | 4 | 3 | 1 |
| Marcelo Vilar | 2 | 0 | 1 | 1 |