Apelidado de Papagaio durante a adolescência, Rafael Elias chegou ao Palmeiras em 2015, inicialmente para reforçar as equipes de futsal do clube. Nas quadras, marcou mais de 100 gols até a temporada 2017 e conquistou diversos títulos, entre eles o Sul-Americano Sub-17 com a Seleção Brasileira. Ainda em 2015, começou a jogar também futebol de campo, tornou-se titular do Sub-20 em 2018 e estreou profissionalmente no mesmo ano, inclusive integrando o elenco decacampeão brasileiro.

Rafael voou baixo nas categorias de base do Verdão em 2018, com mais de 30 gols marcados pelo Sub-20 e três títulos conquistados: Brasileiro, Paulista e Copa RS. Serviu a Seleção Brasileira no Sul-Americano Sub-20 de 2019 antes de ser emprestado a Atlético-MG e Goiás para ganhar experiência, e retorna ao clube após cumprir suspensão por uso de substância diurética.