Formado nas categorias de base do Dorados de Sinaloa e do Tijuana, ambos do México, Jhon Arias retornou ao país natal e estreou profissionalmente atuando por Llaneros-COL e depois pelo Patriotas-COL. A carreira do jogador decolou após a conquista do Campeonato Colombiano de 2020 pelo América de Cali-COL e a mudança ao Independiente Santa Fé-COL na temporada seguinte, acumulando boas atuações e sendo convocado pela primeira vez à Seleção Colombiana, na metade de 2021.

Pelo Fluminense, além do título da CONMEBOL Libertadores de 2023, foi uma das figuras centrais do time no bicampeonato carioca de 2022 e 2023 e na conquista da Recopa Sul-Americana de 2024. Negociado com o Wolverhampton-ING depois de ser eleito para a seleção da Copa do Mundo de Clubes de 2025, nos Estados Unidos, vestiu a camisa 10 dos Wolves na Premier League.

Versátil e dedicado taticamente, Arias pode atuar como ponta ou meio-campista e é reconhecido também por sua velocidade, força e poder de decisão. Durante sua passagem pelo Fluminense, entre 2021 e 2025, distribuiu assistências e foi um dos maiores garçons do país e da América do Sul - foram 55 passes para gol e 47 bolas na rede ao todo pelo clube carioca.

Convocado para defender a Seleção Colombiana na Copa do Mundo de 2026, foi titular nos cinco jogos da equipe na competição e fez um gol, o da vitória por 1 a 0 sobre Gana na fase de 16 avos de final.