Filho de palmeirenses e torcedor do Verdão desde a infância, Zé Rafael chegou à Academia de Futebol em 2019 e teve papel fundamental na temporada mais vitoriosa da história do clube. Quinto colocado na lista de maiores garçons de 2020 com sete assistências, ele foi um dos seis jogadores que foram titulares nas três partidas decisivas do Paulista, da Copa do Brasil e da Libertadores, ao lado de Weverton, Marcos Rocha, Gustavo Gómez, Matías Viña e Luiz Adriano.

Apelidado carinhosamente de “trem” pelos companheiros de elenco, Zé contribui bastante com sua força física e qualidade técnica, tanto que foi o líder da equipe em dribles na temporada 2020 e o vice-líder em desarmes. No geral, é o quinto colocado na lista de maiores garçons do elenco com 14 assistências, atrás apenas de Marcos Rocha (21), Willian (25), Gustavo Scarpa (33) e Dudu (79) – no Brasileirão 2019, foi o vice-líder do time no quesito com cinco passes a gol, atrás apenas de Dudu, com 11.

Presente em 12 das 13 partidas do Palmeiras na Libertadores 2020, sendo seis como titular, Zé é outro meio-campista formado no Coritiba que, assim como Raphael Veiga, teve o prazer de conviver e aprender com o ídolo Alex no clube paranaense e a repetir o feito do ex-camisa 10 de conquistar a América pelo Maior Campeão do Brasil.