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Com dois gols de Edmundo (o outro foi de Osmar) e boa atuação de Valdivia (que havia chegado ao clube na temporada anterior), o Verdão bateu o rival por 3 a 0 e conquistou pontos importantes no Campeonato Paulista daquele ano. A partida foi no Morumbi.

O Verdão, jogando no Palestra Italia, derrotou o Fluminense por 3 a 2 na derradeira rodada do Campeonato Brasileiro de 2005 e garantiu a última vaga para a Copa Libertadores da temporada seguinte. Os gols palestrinos foram de Washington, Juninho Paulista e Corrêa, esse aos 35 minutos do segundo tempo.

De volta à elite do futebol nacional, o Palmeiras reencontrou o rival Corinthians e não decepcionou: 4 a 0, com gols de Pedrinho, Muñoz, Vágner Love e Rincón (contra). O embate foi no Morumbi e foi válido pelo Brasileirão.

A partida foi válida pelo Torneio Rio-São Paulo. O Palmeiras tinha um time em reformulação, é verdade, mas ainda contava com Alex. O meia, aos 30 minutos do primeiro tempo, recebeu na entrada da área, tabelou com Cristian, encobriu o zagueiro Emerson, chapelou o goleiro Rogério Ceni e empurrou para as redes. Foi um dos maiores golaços da história do clube. Além do gol de placa, o Verdão venceu por 4 a 2 no Morumbi. Os outros tentos foram de Magrão, Claudecir e Arce.

Mesmo muito prejudicado pela arbitragem do paraguaio Ubaldo Aquino, o Palmeiras arrancou um heroico empate por 2 a 2 com o Boca Juniors, em pleno estádio La Bombonera. Na partida de volta, em São Paulo, após outro empate por 2 a 2, o Verdão foi eliminado na fase semifinal da Libertadores de 2001 nos pênaltis. Na Argentina, os tentos alviverdes foram de Alex e Fábio Júnior. No Palestra, os autores dos gols foram Fábio Júnior e Bermúdez contra.

O Verdão derrotou o Sport por 2 a 1, com gols dos atacantes Asprilla e Alberto, e conquistou a primeira edição da Copa dos Campeões de 2000. O título, obtido em partida única e na cidade de Maceió-AL, valeu vaga na Libertadores da temporada seguinte.

Algoz do rival na edição anterior, o Palmeiras reencontrou o Corinthians na fase semifinal da Copa Libertadores de 2000. No primeiro confronto, os alvinegros venceram por 4 a 3. Na volta, com um gol de cabeça do volante Galeano aos 26 minutos do segundo tempo (3 a 2 para o Verdão), a decisão, novamente, foi para as cobranças de pênalti – os outros gols foram marcados por Euller e Alex. E, de novo, brilhou a estrela de São Marcos, que defendeu o chute de Marcelinho Carioca na última cobrança, classificou o Alviverde para mais uma final continental e se tornou ainda mais ídolo da torcida palestrina. Marcelo Ramos, Roque Júnior, Alex, Asprilla e Júnior foram os encarregados das cobranças palestrinas, e todos converteram. Na final, o clube perdeu para o Boca Juniors-ARG nos pênaltis após dois empates (2 a 2 na Argentina e 0 a 0 em São Paulo).

Com gols de Pena, Argel, Euller e Arce, o Verdão derrotou o Vasco no Morumbi e conquistou o seu quinto título do Torneio Rio-São Paulo, tornando-se o maior campeão da história da competição.

Uma das maiores (e mais saborosas) goleadas da história do clube. O Cruzeiro, um dos principais adversários do Verdão à época, terminou o primeiro tempo, em pleno Palestra Italia, com 2 a 1 no placar. Na segunda etapa, porém, o Palmeiras protagonizou uma chuva de gols. Os autores palestrinos foram Paulo Nunes (duas vezes), Evair (duas vezes), Euller (duas vezes) e Alex. O embate foi válido pela partida de ida das quartas de final da Copa Mercosul de 1999. Na volta, em Minas, o time do técnico Felipão se deu ao luxo de perder por 2 a 0 e avançou de fase.

O Verdão começou o dérbi, válido pelo Brasileiro de 1999, de forma arrasadora. Aos 10 minutos, o Palmeiras já vencia por 3 a 0, com gols de Rogério, César Sampaio e Paulo Nunes. Antes ainda do intervalo, Alex marcou mais um.